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====== Matlab : logiciel de calcul scientifique ======

Matlab est un logiciel de calcul matriciel développé par Mathworks Inc. C'est un outil puissant pour le calcul numérique. 
Il existe une [[http://www.mathworks.fr/products/matlab/index.html|version Linux de Matlab, mais elle est payante...]]. Heureusement il existe deux équivalents libres : [[Scilab]] et [[Octave]].

Fonctionne bien sur les versions récentes d'Ubuntu, y compris avec OpenGL.
Voici des méthodes pour installer MATLAB sous Ubuntu.

===== Installation de Matlab sur Ubuntu =====

==== Matlab r2008a-2009b ====

Sous Ubuntu Jaunty, Hardy et Karmic, installation directe, sans prérequis.

- On monte le DVD ou l'image ISO avec [[gmount-iso]]
  - On lance le script **install** dans la racine du DVD (un double clic suffit)
  - On se débrouille (type d'installation, licence...) en suivant les étapes.
  - On lance Matlab en console

Matlab n'a besoin d'aucun autre package, il s'installe avec ses propres pilotes pour la vidéo, et son Java intégré.
Il est tout de même preférable d'installer le pilote adéquate pour votre carte vidéo.
Pour créer des fonctions précompilées, il est preférable d'installer [[gcc|gcc]].

<note tip>Pour ne pas passer par la console il faut utiliser la commande //matlab -desktop//</note>

==== Matlab r2007a ====

<note tip>Note: ce test a été fait sous Kubuntu Feisty</note>

=== Prérequis ===

Vous n'avez besoin de presque rien pour utiliser Matlab. Il peut très bien fonctionner sans serveur X, mais il manquera alors certaines fonctions, comme les graphes.

La plupart des utilisateurs préfèrent cependant utiliser Matlab en mode graphique.Il faudra alors :

* Java installé, et l'éxécutable dans le path
  * une carte graphique, avec les pilotes corrects installés, pour les graphes plus complexes

Pour vérifier le path, il suffit de taper dans un terminal : 
<code>
which java
</code>
Si la réponse est du genre :
<code>
usr/bin/java
</code>
vous ne devriez pas avoir de problème. Sinon, voici comment faire : [[http://wiki.ubuntu-fr.org/applications/java?s=java|HOWTO Java]] ou [[Java]]

Pour la carte graphique, tapez dans un terminal :
<code>
grep Driver /etc/X11/xorg.conf
</code>
Si vous obtenez comme réponse une ligne qui vous dit :
  * fglrx ou nvidia, alors pas de problème
  * nv, ati ou radeon, il vous faut alors installer les pilotes
  * vesa, i810 ou autre chose, vous serez limités dans l'utilisation du logiciel.

Vous devez copier votre fichier de license (license.dat) dans le répertoire racine (root directory) **/usr/local/matlab** que vous aurez créé au préalable avant de démarrer l'installation.

=== Installation ===

L'installation de Matlab n'est pas possible directement à partir du CD ROM monté. Ceci n'est pas du aux paramètres par défaut lors du montage (-noexec), mais à une raison mystérieuse et encore incomprise de nos jours ! Il existe deux solutions à ce problème.

La première consiste à copier le disque sur votre disque dur, pour ensuite lancer l'installation.
Pour copier le contenu du disque, tapez dans un terminal :
<code>
sudo cp -R /media/cdrom0 /tmp/matlab
</code>
Une fois la copie terminée, tapez :
<code>
sudo sh /tmp/matlab/install
</code>
ou 
<code>
sudo sh /tmp/matlab/install_unix.sh (selon les versions)
</code>
ce qui lancera l'installeur GUI.

La deuxième solution consiste à passer en root (commande su), démonter le lecteur CD (à l'aide de la commande umount) puis de le remonter à l'aide de la commande :
<code>
mount -o exec /media/cdrom0
</code>
__NB:__ il semblerait que cette dernière commande ne passe pas en étant simplement en sudo.

Vous pouvez ensuite lancer le script d'install (toujours en root).

Une fois l'installateur démarré (avec l'une ou l'autre des méthodes décrites ci-dessus), comme répertoire racine (root directory), entrez **/usr/local/matlab** (déjà créé précédemment).
Ensuite suivez les instructions d'installation classiques...
Une fois l'installation terminée, vous devez lancer un script de finalisation de l'installation:
<code>sudo /usr/local/matlab/install_matlab</code>
Acceptez tout ce qui vient ensuite et gardez les paramètres par défaut sauf si vous savez ce que vous faites.

Une fois installé, vous pouvez taper
<code>
matlab
</code>
dans un terminal ce qui vous permettra de lancer Matlab UI.

A noter que vous pouvez passer des options au démarrage de Matlab. Parmi les plus importantes, citons :
<code>
-nodesktop             Démarre Matlab dans une console, sans le GUI. Chargement beaucoup plus rapide
-nosplash              Pas de fenêtre d'accueil au démarrage
-nojvm                 Ne démarre pas le support Java. Ceci implique -nodesktop
-r "commande"          Démarre Matlab en éxécutant "commande"
-h                     Pour voir d'autres options
</code>

==== Emulation de la version Matlab sous Windows ====

Si vous avez la version Windows de Matlab, il se peut que vous n'ayez pas envie d'acheter la version Unix∕Linux en plus. Vous n'êtes pas condamné au dual-boot : vous pouvez aussi l'émuler.

== Avec VirtualBox et VMware ==

Testé sous Ubuntu Hardy, fonctionne très bien. Un peu plus lent bien sûr.

== Avec Wine ==

/FIXME

L'installation se lance sans soucis mais à l'execution il manque des DLLs.

==== Problème SSE 2 manquant ====

<code>
Error: Your computer processor is missing the SSE2 instructions that
       are required for MATLAB to run correctly.
       For system requirements consult http://www.mathworks.com ...
</code>

==== Matlab r2007a 32bits sur ubuntu 64bits ====

<note>Méthode testée sur ubuntu 9.10 pour matlab 2007 student version en suivant grossièrement ce [[http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=90895&highlight=libXp.so.6&page=3|forum]] </note>

On commence par remonter correctement notre dvd et on crée le répertoire où sera installé matlab
<code>
sudo umount /media/cdrom
sudo mount -t iso9660 /dev/cdrom /media/cdrom
sudo mkdir /opt/matlab7
cd /opt/matlab7
sudo sh /media/cdrom/install_unix.sh -glnx86
</code>
Normalement tout c'est passé correctement jusqu'à la fin de l'installation. A ce moment, on recoit un message d'erreur comme quoi on est pas sur la bonne architecture.

Il est aussi possible de devoir lancer matlab en console avec l'option -t soit :
<code>
sudo sh /media/cdrom/install_unix.sh -glnx86 -t
</code>

Il faut donc faire croire à Matlab qu'il est sur la bonne architecture
<code>
cd /opt/matlab7/bin
sudo ln -s glnx86 glnxa64
cd /opt/matlab7/extern/lib
sudo ln -s glnx86 glnxa64
cd /opt/matlab7/sys/java/jre
sudo ln -s glnx86 glnxa64
</code>

On termine l'installation en lancant /opt/matlab7/install_matlab vous pouvez tout accepter.
Pour valider notre version, on lance matlab en root.

Il ne reste plus qu'a lancer matlab avec la commande <code>matlab -glnx86</code>

j'ai du résoudre mes conflits avec compiz avec l'ancienne méthode.

===== Les problèmes les plus courants =====

Voici quelques uns des problèmes rencontrés pendant l'installation

=== L'installeur ne démarre pas ===

le lancement de l'installation de la version 32 bit sur Ubuntu 9.04 64bit  provoque un message d'erreur ressemblant à

<code>
$ sudo  /media/crdom/install -glnx86
-------------------------------------------------------------------

An error status was returned by the program 'xsetup',
    the X Window System version of 'install'. The following
    messages were written to standard error:

/tmp/26685tmwinstall/update/install/main.sh: 236: /tmp/26685tmwinstall/update/bin/glnxa64/xsetup: not found

Attempt to fix the problem and try again. If X is not available
    or 'xsetup' cannot be made to work then try the terminal
    version of 'install' using the command:

install* -t    or    INSTALL* -t

-------------------------------------------------------------------
.: 15: Can't open /tmp/26685tmwinstall/update/install/cleanup.sh
</code>

L'installation se passe sans problème en ajoutant le paramètre nocp -nocp

<code>
$ sudo  /media/cdrom/install -glnx86 -nocp
</code>

(crédits : http://ubuntu-virginia.ubuntuforums.org/showthread.php?t=186568&page=2 )

=== Erreur compilation  ===

Si à la compilation mex ce message apparaît "/usr/bin/ld: cannot find -lstdc++", il est certainement nécessaire de télécharger une nouvelle version du compilagteur gcc via le dépot (par exemple gcc-4-x-multilib). Ensuite il n'y aura que des "warnings" à la compilation.

=== Message de warning dans la fenêtre de commande ===

Pour éliminer le message "the desktop configuration was not saved
successfully" , il faut taper:
sudo chmod a+w -R /usr/local/matlab , puis:
sudo chown -R votrelogin:votrelogin ~/.matlab

=== Utiliser Compiz ===

== Ancienne méthode : ==

Il se peut qu'il manque des morceaux à la fenêtre de Matlab si on utilise Compiz en même temps. Le problème peut être résolu en ajoutant une ligne dans le script de lancement.

Éditez-le:

gedit ~/bin/Matlab/bin/matlab

(en adaptant le chemin en fonction de votre répertoire d'installation). Ensuite, ajoutez la ligne

<code>
export AWT_TOOLKIT=MToolkit
</code>

dans la section «Export the variables», aux alentours de la ligne 1633.

S'il manque vraiment beaucoup de morceaux au desktop de matlab, et s'ils ne reviennent toujours pas avec la manip précédente, (ceci pour R2007b et Gutsy), "débranchez" Compiz:

<code>
metacity --replace
</code>

et relancez matlab. Si cette solution provisoire devenait définitive:  Système -> Préférences -> Apparence -> Effets Visuels", choisir "Aucuns". (Mais vous perdez au passage les beaux effets du gestionnaire de fenêtres) .

== Nouvelle méthode : ==

Trouvez où vous avez installé matlab (personnellement dans mon répertoire principal)
en faisant donc 
<code> gedit LaOuVousAvezInstalléMATLAB/bin/matlab </code>  
puis juste après 
<code>#!/bin/sh</code> 
ajoutez
<code>export MATLAB_JAVA=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre/</code>
Sauvez, ça marche :-)

<note important>Si la nouvelle méthode vous créé des ennuis avec l'utilisation de la touche "alt gr" (impossibilité de l'utiliser), utilisez l'ancienne méthode.
</note>

=== Créer un raccourci sur le bureau ou dans le menu principal ===

Pour créer un raccourci vers matlab sur le bureau ou dans le menu principal (sans passer par la console), ne pas oublier de faire suivre la commande par '-desktop', sans quoi matlab lance uniquement la fenêtre de chargement et se coupe immédiatement après.

<code>
matlab -desktop
</code>

Pour plus d'options de démarrage de matlab :

<code>
matlab -h
</code>

=== cellfun.mexglx manquant (et autres fichiers) ===

Si vous installez Matlab (version 7.0.1.24704 (R14) Service Pack 1) sur une machine de type x86 avec Ubuntu (Breezy 5.10), il peut exister des problèmes avec les permissions des fichiers /etx/lib.so.6, qui n'a pas par défaut les permissions d'exécutiuon, et qui ne se comporte pas toujours comme prévu avec certains scripts. Quand certains scripts (fichiers d'installation et de démarrage) veulent connaître la version de libc, ils n'obtiennent pas de réponse. Ceci engendre la non-installation des fichiers mexglx requis, et au démarrage de Matlab, le script **[matlab_dir]/bin/util/oscheck.sh** donne le rapport d'erreur suivant :
<code>
/opt/matlab/bin/util/oscheck.sh: line 134: /lib/libc.so.6: Permission denied
</code>

Le fichier **[matlab_dir]/toolbox/matlab/datatypes/cellfun.mexglx** n'a pas été installé, et ceci peut poser des problèmes au moment d'éxécuter une commande simple, comme ls, par exemple :
<code>
>> ls 
??? Attempt to execute SCRIPT cellfun as a function. 
Error in ==> iscellstr at 13
  res = cellfun('isclass',s,'char'); 
Error in ==> ls at 16 
if iscellstr(varargin)
</code>

Une façon de résoudre ce problème serait de modifier deux lignes dans le script [cd_matlab]/install (à faire donc avant l'installation) et dans  [matlab]/bin/util/oscheck.sh (à faire après l'installation).

Dans **install**, ligne 697 :
<code>
ver=`strings /lib/libc.so.6 | head -n 1 | sed -e "s/^[^0-9]*//" -e "s/[ ,].*$//"`
</code>

et dans oscheck.sh, ligne 134 :
<code>
ver=`/lib/libc.so.6 | head -n 1 | sed -e "s/^[^0-9]*//" -e "s/[ ,].*$//"
</code>

doivent être remplacées par :
<code>
ver=`strings /lib/libc.so.6 | grep "GNU C Library" | sed -e "s/^[^0-9]*//" -e "s/[ ,].*$//"`
</code>

Pour pouvoir éditer le fichier d'installation, il faut avoir copié le CD sur le disque dur, comme décrit dans la section Installation.

Vous pouvez trouver une explication plus détaillée  [[http://www.cfar.umd.edu/users/aravinds/tools.html#install_matlab|ici]] (en anglais). Ceci peut expliquer d'autres problèmes, avec d'autres fichiers .mexglx manquants.

=== Les outils symboliques ne fonctionnent pas ===

Pour savoir si vous êtes concernés par ce problème : 
  * Lancez Matlab et regardez dans la boite d'outils si il vous répond R13
ou
  * tapez la commande vpa(64,pi). Si vous obtenez le message d'erreur suivant : 
<code>
Unable to load mex file: /usr/local/matlab/toolbox/symbolic/maplemex.mexglx.
/usr/local/matlab/bin/glnx86/libmaple.so: symbol errno, version GLIBC_2.0 not defined in file libc.so.6 with link time reference
??? Invalid MEX-file
</code>
c'est que vous souffrez du tristement célèbre bug NPTL.

Tout d'abord, ouvrez avec un éditeur de texte le script de lancement de Matlab. Vous pouvez taper par exemple : 
<code>
sudo gedit 'which Matlab'
</code>
Allez ensuite à la première ligne non commentée (sans  devant, dans les 136), et ajoutez la ligne export LD_ASSUME_KERNEL=2.4.1  . Vous devriez obtenir quelque chose du genre : 
<code>
__________________________________________________________________________
#
    export LD_ASSUME_KERNEL=2.4.1
    arg0_=$0
#
# Temporary file that hold MATLABPATH code from .matlab6rc.sh file.
#
    temp_file=/tmp/$$a
#
    trap "rm -f $temp_file; exit 1" 1 2 3
</code>
Sauvez et fermez l'éditeur. Pour vérifier le bon fonctionnement de la manoeuvre, dans Matlab, tapez getenv ('LD_ASSUME_KERNEL') , s'il vous dit 2.4.1, vous avez résolu le problème !

=== OpenGL et Matlab ===

Si OpenGL vous cause des soucis faire des rendus de surface dans le mauvais sens, ou que vous obtenez des messages d'erreur du style //OpenGL not available, using ZBuffer//, et que vous utilisez une version plus ancienne que la R14SP2, vous allez avoir un peu de travail. La source de toute la réflexion de cette partie vient de [[http://www.mathworks.com/support/solutions/data/1-18N21.html?solution=1-18N21|The MathWorks]].
Commencez par lancer Matlab. Une fois que la console est prête, cherchez lez informations sur OpenGL : 
<code>
>> opengl info

Version        = 2.0.0 NVIDIA 76.64
Vendor         = NVIDIA Corporation
Renderer       = GeForce FX 5200/PCI/SSE2
MaxTextureSize = 4096
Extensions     = GL_ARB_depth_texture GL_ARB_fragment_program GL_ARB_fragment_program_shadow ...
</code>
Les résultats dépendent évidemment de votre machine, mais la partie importante est la partie "**Renderer**". Dans cet exemple, il donne le nom de la carte qui va s'occupper du rendu. Si vous utilisez un rendu logiciel, vous obtiendrez **Mesa X11**. Si vous utilisez la carte graphique, et que vous ne disposez pas de l'accélération matérielle, vous avez probablement besoin d'installer les  pilotes du constructeur.
Si les pilotes ne sont pas responsables, ouvrez un terminal, et tapez :
<code>
ldd /usr/local/matlab/bin/glnx86/glren.so
</code>
(remplacez par l'emplacement de matlab si besoin est...).

Vous saurez alors si les différentes librairies openGL sont là où elles sont sensée être. Voici un exemple de configuration correcte.
<code>
$ldd /usr/local/matlab/bin/glnx86/glren.so
                libmx.so => not found
        libut.so => not found
        libmwudd.so => not found
        libmwservices.so => not found
        libGL.so => /usr/lib/libGL.so (0xb7f45000)
        libGLU.so => /usr/X11R6/lib/libGLU.so (0xb7ecf000)
        libXext.so.6 => /usr/X11R6/lib/libXext.so.6 (0xb7ec2000)
        libXp.so.6 => /usr/X11R6/lib/libXp.so.6 (0xb7eba000)
        libXt.so.6 => /usr/X11R6/lib/libXt.so.6 (0xb7e6a000)
        libX11.so.6 => /usr/X11R6/lib/libX11.so.6 (0xb7da5000)
        libc.so.6 => /lib/tls/i686/cmov/libc.so.6 (0xb7c78000)
        libGLcore.so.1 => /usr/lib/libGLcore.so.1 (0xb750f000)
        libnvidia-tls.so.1 => /usr/lib/tls/libnvidia-tls.so.1 (0xb750d000)
        libm.so.6 => /lib/tls/i686/cmov/libm.so.6 (0xb74ec000)
        libdl.so.2 => /lib/tls/i686/cmov/libdl.so.2 (0xb74e8000)
        libstdc++.so.5 => /usr/lib/libstdc++.so.5 (0xb742e000)
        libgcc_s.so.1 => /lib/libgcc_s.so.1 (0xb7423000)
        libSM.so.6 => /usr/X11R6/lib/libSM.so.6 (0xb741a000)
        libICE.so.6 => /usr/X11R6/lib/libICE.so.6 (0xb7402000)
        /lib/ld-linux.so.2 => /lib/ld-linux.so.2 (0x80000000)
</code>
S'il vous manque une librairie importante sur cette liste, mais qu'elle est installé, il faudra créer un lien virtuel.
Imaginons que vous obtenez libGL.so => not found. 
On se place d'abord dans le répertoire suivant : 
<code>
cd /usr/local/matlab/sys/opengl/lib/glnx86
</code>
Vous allez ensuite vérifier si le paquet libGL.so est installé : 
<code>
dpkg -s libGL.so
</code>
S'il l'est, vous créez le lien symbolique :
<code>
ln -s /usr/lib/libGL.so libGL.so
</code>
S'il n'est pas installé, et bien... installez-le !

Les risques d'avoir ce problème sont faibles si vous utilisez les pilotes corrects pour votre carte video.

Si ça marche à peu près, mais que ce n'est pas encore parfait, c'est probablement Matlab qui n'utilise pas le bon Xvisual. Pour vérifier, on ouvre le bureau Matlab, et on tape la commande suivante : 
<code>
hf=figure;
set(hf,'renderer','opengl');
get(hf,'xvisual')
</code>
Vous obtiendrez une chaîne, ressemblant à "** 0x21 (TrueColor, depth 24, RGB mask 0xff0000 0xff00 0x00ff)** ".
Tapez maintenant : 
<code>
glxinfo | grep 0x21 | awk '{print $15}'
</code>
Il doit vous répondre 24 (comme dans la partie depth de la réponse profondeur). Si vous obtenez 0, il faut trouver un autre Xvisual. Le meilleur moyen est de jongler avec glxinfo.
<code>
glxinfo | grep tc | grep y
</code>
Vous obtenez alors une liste de Xvisual.
<code>
0x21 24 tc  0 32  0 r  y  .  8  8  8  0  4 24  0 16 16 16 16  0 0 None
0x23 24 tc  0 32  0 r  y  .  8  8  8  8  4 24  0 16 16 16 16  0 0 None
0x26 24 tc  0 32  0 r  y  .  8  8  8  0  4 24  8 16 16 16 16  0 0 None
0x27 24 tc  0 32  0 r  y  .  8  8  8  8  4 24  8 16 16 16 16  0 0 None
0x2a 24 tc  0 32  0 r  y  .  8  8  8  0  4 16  0 16 16 16 16  0 0 None
0x2b 24 tc  0 32  0 r  y  .  8  8  8  8  4 16  0 16 16 16 16  0 0 None
0x2e 24 tc  0 32  0 r  y  .  8  8  8  0  4  0  0 16 16 16 16  0 0 None
0x2f 24 tc  0 32  0 r  y  .  8  8  8  8  4  0  0 16 16 16 16  0 0 None
0x32 24 tc  0 32  0 r  y  .  8  8  8  0  4 24  0 16 16 16 16  2 1 Ncon
0x33 24 tc  0 32  0 r  y  .  8  8  8  8  4 24  0 16 16 16 16  2 1 Ncon
0x34 24 tc  0 32  0 r  y  .  8  8  8  0  4 24  0 16 16 16 16  4 1 Ncon
0x35 24 tc  0 32  0 r  y  .  8  8  8  8  4 24  0 16 16 16 16  4 1 Ncon
0x3a 24 tc  0 32  0 r  y  .  8  8  8  0  4 24  8 16 16 16 16  2 1 Ncon
0x3b 24 tc  0 32  0 r  y  .  8  8  8  8  4 24  8 16 16 16 16  2 1 Ncon
0x3c 24 tc  0 32  0 r  y  .  8  8  8  0  4 24  8 16 16 16 16  4 1 Ncon
0x3d 24 tc  0 32  0 r  y  .  8  8  8  8  4 24  8 16 16 16 16  4 1 Ncon
0x42 24 tc  0 32  0 r  y  .  8  8  8  0  4 16  0 16 16 16 16  2 1 Ncon
0x43 24 tc  0 32  0 r  y  .  8  8  8  8  4 16  0 16 16 16 16  2 1 Ncon
0x44 24 tc  0 32  0 r  y  .  8  8  8  0  4 16  0 16 16 16 16  4 1 Ncon
0x45 24 tc  0 32  0 r  y  .  8  8  8  8  4 16  0 16 16 16 16  4 1 Ncon
</code> 
Vous en choisissez un qui ne soit pas marqué //Slow// sur la dernière colonne, et qui ait 24 sur la 15ème colonne. Choisissons par exemple //0x26//.
On va le définir comme Xvisual. Tapez
<code>
set(0,'defaultfigurexvisual','0x26');
</code>
et rentrez cette ligne dans le fichier startup.m. Vous devriez maintenant avoir des jolis graphes openGL !

Si matlab vous dit "Warning: Could not access OpenGL library", une solution est  <code>
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/matlab/sys/opengl/lib/glnx86
</code>
(soit dans votre .bashrc, soit dans un lanceur avec exec=/bin/sh -c "LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/matlab/sys/opengl/lib/glnx86 /usr/local/matlab/bin/matlab").

=== uigetfile ===

**uigetfile** : Affiche la boîte de dialogue standard pour la récupération de fichiers.

Exemple : 
  [FileName,PathName,FilterIndex] = uigetfile('/home/login/')
{{:matlab:selectfiletoopen-1.png?400|}}
{{:matlab:fileselectionfail.png|}}

Si cette fonction ne retourne rien, et retourne une erreur "File does not exist" dans un popup. La solution ([[http://www.mathworks.com/matlabcentral/newsreader/view_thread/73094|source]]) consiste à taper dans la console matlab : 
  setappdata(0,'UseNativeSystemDialogs',0)

La boîte de dialogue est alors remplacé par une autre fonctionnelle.
{{:matlab:selectfiletoopen-2.png?400|}}

==== Liens ====
  *Wiki anglais: [[https://wiki.ubuntu.com/MATLAB]].
  *[[calcul_numerique]]
  *[[logiciels_pour_le_lycee]]

----
//Contributeurs : [[utilisateurs:pitchoun|Pitchoun]] (traduction), [[utilisateurs:gou|Gou]]//

Merci de recopier le code ci-contre pour prouver que vous êtes humain : E Q C C N Merci de laisser ce champ vide :

Résumé

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